这是参考以下教程用自己的数据实现一遍，R语言ggplot2画图系列——Pathway富集分析气泡图-生信技能树-PoweredbyDiscuz!http://www.biotrainee.com/forum.php?mod=viewthread&action=printable&tid=927R语言ggplot2...

homer分析motif的原理及结果参见:http://homer.ucsd.edu/homer/motif/index.html根据motif与已知转录因子的富集情况可以绘制气泡图,从而可以看到样本与已知转录因子的富集显著性。差异peak代表着比较组合染色质开放性有差异的位点,ChIP-se...

上图是气泡图形式，由于GO有三个互不交集的ontology本体，所以要单独分区展示。气泡图比柱状图可以多展现1个维度，在上图中，体现了4个维度信息：（1）气泡表示分类条目（2）气泡大小表示基因/基因产物数量。（3）增加了p-...

富集分析是生信中最常见和常用的一种手段，不管是pathway还是GO。展示形式也是五花八门，比如我们自己最常用的就是气泡图。最近看到一些其它的展示方式，用GOplot包画的，如下：看上去，好像还挺好看，所以顺手测试学习了一下。

本次课程所用的配套书籍是：《RGraphicCookbooks》除了以上的基本图形外，师兄还会给大家讲解箱线图、提琴图、热图、火山图、气泡图、桑基图、PCA图等各种常用的生信图形的绘制，还不赶紧加入收藏夹，跟着师兄慢慢学起来...

一个基因可能具备多个GOterm，一个基因也可能参与多个通路，与之相对应的有多个map号这个案例中背景基因文件构建思路如下图3、描述文件跑完之后就会得到一些结果：生成一些简单的气泡图，条形图，GO二级分类图...

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