全额拨款的工资由财政保障，差额拨款是财政只拨付一部分，其他部分由所在单位自己通过其他渠道解决。全额拨款和差额拨款的工资计算公式是不一样的，差额略高于全额。至于退休后的待遇在实行养老金并轨之后，就基本相差不大了。