适用人群不同
二价疫苗是只适用于女性接种，四价是适用于九岁以上的男女接种，九价疫苗也是适用于九岁以上的男女接种。
二价疫苗中含有防止HPV16型和18型病毒的L1蛋白，但它只适用于九岁至二十五岁之间的女性，在2016年的时候在中国内地就可以买到它了，这款二价HPV疫苗虽然是第一种，但是它预防16型和18型的病毒率非常高，已经达到了98%。
四价HPV疫苗中能够预防16型、18型、6型和11型的病毒，适合二十岁到四十五岁的男性和女性，预防率高达99%，相对于二价HPV疫苗来说，四价疫苗在预防HPV方面又提升了一个高度。这款四价HPV疫苗刚在内地上市的时候也是很受欢迎的，毕竟是继第一款二价疫苗之后的全新一种HPV疫苗，效果自然比之前的要好许多，同时预防病毒的范围也跟着扩大了。
九价HPV疫苗能够有效预防16型、18型、6型和11型的亚型HPV感染，预防率高达99%，还能够预防31/33/45/52等亚型HPV宫颈和外阴三分之二级癌前病变，预防率高达95%以上。这款九价HPV疫苗在预防HPV病毒上达到了一个前所未有的新高度，不得不说，HPV疫苗的研究已经走得越来越远了。
有些人群在打了二价疫苗后会出现一些副作用，比如说身上出现红肿，疼痛，头晕等现象，这个时候就会非常担心，害怕是不是不适合打这种HPV疫苗，其实轻微的症状对身体没有什么很大的负担和影响，但是如果情况严重的话要及时就医。
再者，如果是在孕期的孕妇要记住不能够打HPV疫苗，因为HPV疫苗对胎儿并不好，比如说会造成胎儿出生后生长缓慢等问题。还有如果对蛋白质这些物质过敏的人群也要记住不能打HPV疫苗，因为HPV疫苗中是含有蛋白的，如果打了这种疫苗就会引起过敏反应，对身体造成负担。
目前获批可在市面流通的HPV疫苗，包括Gardasil四价、Gardasil九价疫苗，以及Cervarix二价疫苗。且Gardasil九价疫苗针对宫颈癌的预防效果也更好。
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