1、门类不一样：生物医学是理科中的一门学科，生物医学工程是工科中的一门学科。2、涉及领域不一样：生物工程涉及到生物医学信息、医学影像技术、基因技术等，生物医学工程涉及医学制药，医学仪器制造等。3、发展时间不一样：生物医学在国内发展较为久远，生物医学科是高度交叉而成的一门学科，国内的发展时间还不够。