当时在灾民中普遍流行着一个民谣：“石人一只眼，挑动黄河天下反。”北方白莲教首领韩山童及其教友刘福通等便决定抓住这一时机，发动起义，义军头裹红巾，人称红巾军。红巾军是农民起义运动的一大势力，分为两派分别是由韩山童，刘福通领导的颖州军和由徐寿辉和彭莹玉率领的于蕲军。
另一个大势力是张士诚领导的队伍，他在抗元战斗的早期抵挡住元军主力，扩大了红巾军发展的声势。红巾军后来被陈友谅控制，在至正十二年，陈友谅称帝，成为元末农民起义的几个势力中新的首领。除此之外还有一个最重要的元末农民起义的势力之一就是朱元璋。
没想到朱元璋成为最后的王者，他用了近20年的时间，消灭其他农民军，击溃元朝残余势力，完成了中国的统一，轰轰烈烈的元末农民起义结束。