1、办学主体方面：自考的办学主体是主考院校和省自考办联合办学。考试共分为三个层次：高起专、高起本、自考专升本。函授则是成人高考的办学主体是各个大学的成教学院。
2、含金量不同：自考的含金量高点，仅次于统招，国家承认的城市也有不少，而且国外的有二十多个国家承认自考本科。函授的含金量就没有那么高了，虽然是国家承认的学历，但是在很多城市是不会承认的，而且其他国家就很少有承认我国函授学历。而且函授在找工作的时候，基本没什么用，在职的考虑晋升学历的，提升待遇的可以考虑一下。
3、证书公章不同：函授文凭是各大学成教学院颁发，毕业证书只有成教学院的公章；自考文凭是主考院校和省自考办颁发，有主考院校的和省自考委的公章。