同时作为中枢首脑，对上要对领导万历帝负责，对下要对众多下属官员交代，皇帝和官员之间，又常常一言不合吵起来，申时行只能两面讨好，做个和事佬。没想到啊，没想到，申时行在立皇储这件事儿上，栽了跟头。
申时行既想要讨好万历帝，赞同他废长立少，又怕此举得罪公卿大臣，想来想去，他决定采取首鼠两端的策略，神宗面前赞同废长立少；在群臣面前，则装作恪守礼法，反对废长立少。结果，东窗事发，他被大臣们上书，皇帝让他卷铺盖回家。可见，职场上当墙头草是最不得人心的，两面不讨好，还落个不好的名声！