目前，大部分银行跨行转账依然收费，原因在于银行之间的系统并不是兼容的。
银行同行转账一般只是牵扯到行内账户之间数额的增减，可以通过行内现有系统实现资金的实时传递，成本仅限于最初的系统搭建与银行工作人员劳务成本，而随着客户资金沉淀最终客户资金带来的收益完全能够覆盖这部分边际成本，并且随着支付宝和微信转账免费的冲击，几乎所有银行都推出了行内转账免除手续费的政策。
但是跨行转账目前大部分银行依然收费，除了个别区域性银行及其城商行出于吸引客户目的免费。原因在于银行之间的系统并不是兼容的，为了能够实现资金的跨行流转，人行开发了大小额系统，部分地域还有自己的同城系统，这两个系统的使用都需要银行向系统开发者及所有者人行付费的，单笔来看不多，但是银行动辄每天每天成千万笔的交易量，这笔费用累计起来是相当可观的是银行运营成本的一大支出所在，所以跨行转账手续费的减免在大部分银行都是有条件的。例如四大行，针对私人银行级以上客户免除跨行手续费、建行结算通卡免除跨行手续费、部分城商行每月前几笔交易免除手续费，而全部免除手续费的银行只有寥寥几家，仔细观察大部分也是那种区域性以及网点布局较少的银行。至于免除的手续费，最终都算作银行的运营成本，由开户行补贴人行了。
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