农村合作医疗停保流程如下：
一、暂停农村合作医疗需要去当地的民政大厅办理如果要暂停缴纳农村合作医疗，在网上一般是办理不了的。你需要去你户籍所在地的民政大厅去办理。一般来说最初在哪里缴纳的就要去哪里办理暂停。
二、具体的流程是你提出申请工作人员给你冻结账户即可具体的流程也没有那么繁琐，只要你向民政局的工作人员提出申请你要暂停缴纳，他就会给你进行账户冻结，你只要确认签字即可，非常的方便。
三、建议你不要暂停缴纳新农合，除非你要转交职工医疗不过缴纳农村合作医疗对自身是极为有保障的一件事，所以建议不要平白无故就暂停缴纳。当然了有的人是因为要转交职工医疗，所以不得不暂停缴纳新农合，这样的话是非常好的。如果你是要缴纳职工医疗而暂停缴纳农村合作医疗的话，不用特意去暂停农村合作医疗，你只要缴纳了职工医疗，你的农村合作医疗就会自动交不上了。
四、乡管理机构要对其有关证明审核，并签署意见，与申请退保者的缴费证、缴费记录卡一起上报县级保险机构。县级保险机构要再次对上报来的材料进行审核，对符合退保条件者，要为其核算退还的保险金数额；
五险一金包括：
1、养老保险
2、医疗保险
3、失业保险
4、工伤保险和生育保险
5、及住房公积金。
法律依据：
《中华人民共和国社会保险法》第二条
国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度，保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。第四条
中华人民共和国境内的用人单位和个人依法缴纳社会保险费，有权查询缴费记录、个人权益记录，要求社会保险经办机构提供社会保险咨询等相关服务。
个人依法享受社会保险待遇，有权监督本单位为其缴费情况。