合作医疗，即新型农村合作医疗保险。在网上主要可以通过以下几种方式缴纳：
1.支付宝缴费：支付宝首页点击市民中心，选择社保页面缴费。输入身份证号姓名，选择城乡居民医疗保险进行查询，选择城乡居民基本医疗保险费，点击缴费完成付款。
2.微信缴费：微信缴纳合作医疗的方式有两种，一种是查询当地的社保部门是否开通了新农合缴纳的公众号，然后搜索当地的公众号按照流程进行缴纳即可；第二种是在微信中查询城市服务，找到城乡居民医疗保险，按照提示进行缴纳即可。
3.官网缴费：登录当地所处城市的社会保险网上申报服务平台，进入网上自助缴费界面，输入姓名、身份证号码，阅读接受打钩，完成短信验证后会显示参保人相关信息，确认无误后就可以点击支付。
4.银行APP缴费：目前农业银行、工商银行、中国银行、农商银行等提供手机银行社保费缴费业务。所在地税务局签约以上银行的缴费人可以从中选择，具体缴费步骤根据各银行界面提示进行操作。
由于各地医保办指定的新农合缴费二维码不同，实际操作略有偏差，用户需要以实际情况为准。自2020年起，缴费方式发生了改变，新农合不再由医保办统一收取，改由税务局收取。2020年12月31日前认定的当地户籍低保户、持证残疾人、特困人员、重点优抚对象、70周岁（1949年12月31日前出生）以上老年人、建档立卡贫困人员等特殊群体，个人不需要缴费。外来常住居民需要携带身份证、房产证、暂住证，前往医保办。
法律依据
《中华人民共和国社会保险法》
第二十四条 国家建立和完善新型农村合作医疗制度。
新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。第二十六条 职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。