合伙协议是指合伙企业中所有合伙人订立的协议。公司章程是指所有股东共同制定的章程。二者不可能同时适用。若是发起人协议与公司章程冲突的，适用最新的文件。

一、设立股份有限公司的程序是什么？

设立股份有限公司的程序是：

1、协议由所有发起人发起并建立；

2、全体发起人制定公司章程；

3、提前批准申请名称；

4、进行必要的行政审批；

5、股东认购股份并支付出资；

6、验资机构进行验资；

7、确定公司的组织机构，选举董事会和监事会；

8、申请设立登记；

9、登记发照。

《中华人民共和国公司法》规定，以发起设立方式设立股份有限公司的，发起人应当书面认足公司章程规定其认购的股份，并按照公司章程规定缴纳出资。以非货币财产出资的，应当依法办理其财产权的转移手续。发起人不依照规定缴纳出资的，应当按照发起人协议承担违约责任。发起人认足公司章程规定的出资后，应当选举董事会和监事会，由董事会向公司登记机关报送公司章程以及法律、行政法规规定的其他文件，申请设立登记。

【本文关联的相关法律依据】

《公司法》第三条

公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任。

有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任；股份有限公司的股东以其认购的股份为限对公司承担责任。

第四条

公司股东依法享有资产收益、参与重大决策和选择管理者等权利。