专项附加扣除并不意味工资更低。
专项附加扣除并不会导致工资发放更低，相反因为专项扣除的减除，导致企业应纳税额减少，所以员工实际拿到手的工资会更高。个人所得税专项附加扣除，是指个人所得税法规定的子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金和赡养老人等六项专项附加扣除。
在申报享受专项附加扣除时，纳税人需要对所申报信息的真实性、准确性、完整性负责。扣缴义务人应当及时按照纳税人提交的信息计算办理扣缴申报，不得擅自更改纳税人提供的相关信息。
扣缴义务人发现纳税人提供的信息与实际情况不符，可以要求纳税人修改。纳税人拒绝修改的，扣缴义务人应当向主管税务机关报告，税务机关应当及时处理。
纳税人存在报送虚假专项附加扣除信息、重复享受专项附加扣除、超范围或标准享受专项附加扣除、拒不提供留存备查资料以及税务总局规定的其他情形之一的，主管税务机关应当责令其改正。五年内再次发现的，视情形记入有关信用信息系统，并按照国家有关规定实施联合惩戒；涉及违反税收征管法等法律法规的，税务机关依法进行处理。
法律依据：
《中华人民共和国个人所得税法》 第六条 应纳税所得额的计算:
(一)居民个人的综合所得,以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额,为应纳税所得额。
(二)非居民个人的工资、薪金所得,以每月收入额减除费用五千元后的余额为应纳税所得额务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得,以每次收入额为应纳税所得额。
(三)经营所得,以每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额,为应纳税所得额。
(四)财产租赁所得,每次收入不超过四千元的,减除费用八百元千元以上的,减除百分之二十的费用,其余额为应纳税所得额。
(五)财产转让所得,以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额,为应纳税所得额。
(六)利息、股息、红利所得和偶然所得,以每次收入额为应纳税所得额。劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得以收入减除百分之二十的费用后的余额为收入额.稿酬所得的收入额减按百分之七十计算。个人将其所得对教育、扶贫、济困等公益慈善事业进行捐赠,捐赠额未超过纳税人申报的应纳税所得额百分之三十的部分,可以从其应纳税所得额中扣除务院规定对公益慈善事业捐赠实行全额税前扣除的,从其规定。