宅基地加盖二层不合法，需要报建审批后才能建房。
擅自加层违法，违反了《中华人民共和国城乡规划法》，未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设。
宅基地归属的规定有下面这些：
根据《土地管理法》第六十二条规定：“农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。
农村村民建住宅，应当符合乡(镇)土地利用总体规划，并尽量使用原有的宅基地和村内空闲地。
农村村民住宅用地，经乡(镇)人民政府审核，由县级人民政府批准;其中，涉及占用农用地的，依照本法第四十四条的规定办理审批手续。
农村村民出卖、出租住房后，再申请宅基地的，不予批准。”
二、宅基地用于商业出租合法吗
宅基地用于商业出租合法。依据《中华人民共和国土地管理法》第六十二条规定：
1、农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。
2、农村村民建住宅，应当符合乡(镇)土地利用总体规划，并尽量使用原有的宅基地和村内空闲地。
3、农村村民住宅用地，经乡(镇)人民政府审核，由县级人民政府批准;其中，涉及占用农用地的，依照本法第四十四条的规定办理审批手续。
4、农村村民出卖、出租住房后，再申请宅基地的，不予批准。
法律依据
《中华人民共和国城乡规划法》
第六十四条 未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。