由于工资与借款分属两种不同性质的法律关系，分别受劳动法律法规和普通民事法律法规的调整，不能直接予以相互抵销。一旦双方发生争议，将分别按劳动争议和普通民事借款纠纷处理。劳动仲裁在处理此事宜时，一般都会仅处理工资部分，要求公司补发工资；而对借款部分则要求企业另行向法院起诉。
根据《劳动法》第五十条规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。《工资支付暂行规定》第六条规定，用人单位应将工资支付给劳动者本人。
劳动者本人因故不能领取工资时，可由其亲属或委托他人代领。第十五条还规定，用人单位不得克扣劳动者工资。并在列举的企业可以代扣的情形中没有员工借款这一事项。由此可见，相关法律、法规和规章的立法本意，就是为了保护劳动者享有劳动报酬的权利，特别是《劳动法》规定的工资要支付给劳动者本人，其目的就是为了保障劳动者对自己的工资拥有自主使用的权利。
一、企业又将如何进行防范和规避
1、如员工因私借款，应向企业相关部门出具借条，并在借条中明确约定归还时间和方式，包括员工同意在工资中逐步扣除作为偿还方式。但需注意，扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。此借条应作为重要财务凭证妥善保存。
2、如属于预支工资性质的借款，应在借条中注明借款性质为预支工资，则企业可以直接在工资发放时予以扣除，但亦需注意，扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。此借条应作为重要财务凭证妥善保存。
3、如属于员工用于办理业务的未报销借款(如：预提的备用金)，则员工在登记领取或出具借条时，务必在报销时间一栏注明：“如本人未能在公司规定时间内提交相关凭证以报销该借款的，则公司有权直接从本人工资中扣除此借款金额”。而此借条或登记文件，则应在员工报销或还款时，予以退还或盖章作废。
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