1、所覆盖的对象不同：
农村合作医疗保险：只有农村户口的人才能够办理农村合作医疗保险，其他非农户口不能办理；
医保：城镇所有用人单位及其职工都要参加，用人单位包括企业：国有企业、集体企业、外商投资企业、私营企业等；用人单位另外还包括机关、失业单位、社会团体、民办非企业单位。而对于乡镇企业及其职工、城镇个人经济组织业主及其从业人员需不需要办理职工医保，那么就需要当地的政府机构来决定了。
2、缴费主体不同：
农村合作医疗保险：缴费主体是农民个人、集体和政府，通过三方面筹资来保障这份保险能够为农民百姓提供医疗保障；
医保：缴费主体是劳动者和用人单位，通过这两方面筹资来保障这份保险能够为劳动者提供医疗保障；
3、缴费方式不同：
农村合作医疗保险：农民自愿参加即可，没有强制性，需要这份保险保障就参加，不需要即可不参加，只是要参加的话必须以家庭为单位整户参加，而且每年都要办理参保缴费手续，并不是参保一次之后只要缴费就可以。
医保：对于用人单位来说，它具有强制性，就是用人单位必须要为自己的员工办理职工医保，而且缴纳的话，要达到一定的年限才可以，不过只要第一次参保了之后，以后的费用都会通过工资直接扣除，由单位和个人共同承担支付。
4、报销比例不同：
农村合作医疗保险：参保者没有个人账户，报销比例相对于职工医保来说要低一些，限额较低，因为是一年一参合，参合本年度享受报销；
医保：参保者拥有个人账户，定期都会有费用划入到个人账户里，而且报销比例比较高，虽然说有起付标准，但是它的报销最高限额比较高，医疗费也不封顶。只要参保人员完成了规定的缴费年限后，就可以享受到终身医疗保险待遇。
法律依据：
《中华人民共和国社会保险法》
第二条
国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度； 保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。
第二十六条
职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。