新农村农村合作医疗和五险中的医疗保险是冲突的，合作医疗和五险一金不能同时缴纳。但与社保中的其他保险无冲突。五险一金包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险，及住房公积金。劳动者到用人单位就业的，由用人单位和劳动者共同缴纳基本医疗保险费；劳动者未到用人单位就业的，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。
五险一金的主要好处有哪些？
1、养老保险、养老保险是五险中分量最大的一个，占了税前收入的8%，当大家到了法定退休年龄可以定期每月领取养老金维持生活，它相当于是一种提前储蓄。虽然金额不大但是完全可以保障退休之后的老年生活；
2、医疗保险、医疗保险占了2%，虽然分量不大，但是作用却不小。随着年龄的增长，大家去医院就医的次数变多，但是高额的医疗费用让人望闻止步，这时医疗保险的作用就是让人病有所医，而且即使退休了仍然享受医保待遇；
3、生育保险、对一个家庭来说，下一代的诞生是喜悦的同时也是痛苦的，因为随着一个新生命的到来不仅增加了家庭投入，甚至新生妈妈无法再参与劳动，增加了家庭经济压力。生育保险的作用就是帮助这些家庭渡过难关；
4、失业保险、失业保险保障了们突然失去工作的风险，试想一个月光族突然失业，那就意味着伙食没有了着落，失业保险会帮助有困难的人渡过难关。
5、工伤保险、工伤保险不用员工自己缴纳，企业会全额缴纳的。它不仅对于有危险性的工作有很大意义，对于其他普通工作也是意义非凡的。比如工作时间的磕磕碰碰，上下班途中发生的意外事故都是工伤保险范围之内的；
6、住房公积金、公积金占据10%～12%，但是一般企业都有自己的执行标准。首先只有缴纳了公积金，才会有公积金贷款的资格，而且公积金缴纳到银行后，是一直放在自己的账户中里，租房、装修等都可以取出来直接用，最后退休时可一次性取出。
新农合和五险一金的区别有哪些？
1、保障对象不同。五险一金(社保)的参保对象主要是企、事业单位职工;而农村养老保险参保对象是年满16周岁(不含在校学生)、未参加其他社会养老保险的城乡居民；
2、缴费标准不同。五险一金(社保)是按照本市上年度在岗职工平均工资的一定比例和基数进行缴费，缴费相对较高;而农村养老保险个人缴费标准按照国家规定，目前设为每年100元至1000元10个档次。自愿选择缴费档次，缴费较低；
3、筹资结构不同。五险一金(社保)主要是用人单位和参保人，用人单位缴的是主要部分;而农村养老保险主要供款方是政府，政府给了现在的老年人基础养老金，同时对中年人的缴费予以一定金额补贴；
4、待遇标准不同。五险一金(社保)待遇不仅包括养老保险、还有医疗保险、生育保险、失业保险、工伤保险和住房公积金。养老保险的计发办法是按照养老保险政策有关规定执行，待遇标准相对较高。而农村养老保险只有养老保险和医疗保险，待遇水平较低。养老保险待遇由基础养老金和个人账户养老金两部分组成。目前基础养老金标准为每人每月55元。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第五十八条
用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。未办理社会保险登记的，由社会保险经办机构核定其应当缴纳的社会保险费。
自愿参加社会保险的无雇工的个体工商户、未在用人单位参加社会保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员，应当向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。
国家建立全国统一的个人社会保障号码。个人社会保障号码为公民身份号码。