一、公司因为员工不加班就扣全勤合理吗？
用人单位不能强迫员工加班，更无权克扣工资。用人单位安排员工加班，必须事先与员工及工会进行协商。如用人单位事先未与员工及工会协商或者用人单位安排的加班违反了劳动法律法规的有关规定，员工有权拒绝加班。
同时有以下情况的不得安排员工加班：
(一)妊娠期的女员工，不应延长其劳动时间。
(二)女员工怀孕7个月以上，用人单位不能安排她们加班。
(三)女员工在哺乳期内，用人单位不能安排她们加班;哺乳期指的是女员工在哺乳未满一周岁的婴儿期间。
但在特殊条件，单位要求加班员工不能拒绝：
(一)发生自然灾害、事故或者因其他原因，威胁员工生命健康和财产安全，需要紧急处理的。
(二)生产设备、交通运输线路、公共设施发生故障，影响生产和公众利益，必须及时抢修的。
(三)法律、行政法规规定的其他情形。发生以上情形，员工不能拒绝加班。
二、加班的报酬如何支付
早在1982年4月，国务院在《关于严格控制企业滥发加班加点工资的通知》中规定：
在法定节日内，企业职工因生产(工作)上的特殊需要，经企业领导批准，进行加班以后，能够安排补休的，给予同等时间补休，不发加班工资;确实不能安排补休的，发给加班工资，实行计时工资制的职工，按照本人日标准工资的200%发给，实行计件工资制的职工按照本人当天完成定额的规定的计件单价发给应得的计件工资外，再按照本人日标准工资的100%发给加班工资。
在公休假日内加班，原则上不发给加班工资，只给以同等时间补休，少数人由于生产(工作)需要确实不能补休的，才发加班工资。实行计时工资制的职工，按照本人日工资标准的100%发给;实行计件工资制的职工，发给应得的计件工资，不发加班工资。
生产任务不足或者没有按计划完成生产任务的企业，为了突击完成任务或者突击完成临时承揽的生产任务而加班的，一般不得发放加班工资。职工加班加点后补休时间，由企业在保证生产(工作)正常进行的条件下及时安排，不得拖延过长，也不得随意改发加班工资。在正常的工作时间以外加点，只给予同等时间的补休，不发加点工资，也不准将加点工时累计发给加班工资。
即使在劳动者拒绝加班安排的情况下，用人单位也是没有权利扣其工资的。毕竟拒绝加班是法律赋予劳动者的合法权利之一，在劳动者行使自己权利的同时，要是还允许单位扣其工资的话，这样显然是说不通的。也就是说拒绝加班就扣工资的行为是违法的。
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