1.对农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品免征增值税。
2.增值税一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农业产品，可按13%的扣除率计算抵扣增值税进项税额。
3.对农民专业合作社向本社成员销售的农膜、种子、种苗、化肥、农药、农机，免征增值税。
4.对农民专业合作社与本社成员签订的农业产品和农业生产资料购销合同，免征印花税。
一、国家补贴如何申请?
省级每年根据当年扶持政策和预算资金安排情况，向设区市、直管县农民专业合作组织主管部门(财政、农业或农工部)下达申报通知，明确申报条件、扶持内容、每县申报个数等内容。
符合申报条件的农民专业合作组织，在申报通知下达后可向县级主管部门提出申请，县级主管部门对材料的合规性、真实性进行审查，按照公开公平公正的原则确定县级上报合作社名单。
二、合作社申报条件?
符合《中华人民共和国农民专业合作社法》设立条件，依法登记注册2年以上;按照《农民专业合作社会计制度(试行)》(财会〔2007〕15号)的规定进行会计核算，具有比较规范的财务管理制度;具有一定的服务能力，能有效地为成员提供农业专业合作服务，成员原则上不应少于100户。
三、怎么成功申请项目?
1、及时获取项目申报通知。九大部委及其省、市相关网站上多浏览，及时获取项目申报通知是项目申报成功的关键部分之一。
2、筛选适宜项目。项目很多也很好，但是不一定合适你，要筛选适宜的项目申报。
3、项目申请报告。编写项目申请报告要结合自己切实可行，是项目申报成功的重中之重。
4、按时呈报相关部门。农业部门很多、项目部门也很多，要按照项目通知要求，准时呈报给对口的部门。
5、做好政府关系。现在项目资金都是待主管部门进行审核、验收并批准后，才能获得相应的扶持、奖励资金，及时沟通规范运作不可少。
法律依据：
《中华人民共和国企业所得税法》第二十六条企业的下列收入为免税收入：
（一）国债利息收入；
（二）符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益；
（三）在中国境内设立机构、场所的非居民企业从居民企业取得与该机构、场所有实际联系的股息、红利等权益性投资收益；
（四）符合条件的非营利组织的收入。