档案不跟着工作所在的城市没有任何影响，除非你是进入事业单位或者国有企业，必须档案在你工作单位。而以后如果你考入事业编制或者处理各类人事档案问题，包括你的组织关系、转正定级，评职称等都可以通过人事代理办理。

法律依据：

《中华人民共和国档案法》 第十六条 集体所有的和个人所有的对国家和社会具有保存价值的或者应当保密的档案，档案所有者应当妥善保管。对于保管条件恶劣或者其他原因被认为可能导致档案严重损毁和不安全的，国家档案行政管理部门有权采取代为保管等确保档案完整和安全的措施；必要时，可以收购或者征购。前款所列档案，档案所有者可以向国家档案馆寄存或者出卖。严禁卖给、赠送给外国人或者外国组织。向国家捐赠档案的，档案馆应当予以奖励。