区别如下：
一、概念不同：
1.农村医疗保险是为补偿劳动者因疾病风险遭受经济损失而建立一项社会保险制度。参保人员患病就诊发生医疗费用后，与医疗保险经办机构给与一定的经济补偿，以避免或减轻劳动者因患病、治疗等所承受的经济风险。
2.城镇医疗保险是以没有参加城镇医疗保险的城镇未成年人和没有工作的居民为主要参保对象的医疗保险制度。
二、医疗保险缴纳的区别
1、农村医疗保险由居民个人缴纳;
2、城镇医疗保险由单位和个人共同缴纳。
三、报销比例不同
1、城镇医疗保险报销比例高;
2、农村医疗保险报销比例低。
三、缴费标准不同
1、城镇医疗保险缴费标准：单位6-4%，个人2-4%。
2、农村医疗保险缴费标准：100元、200元、300元、400元、500元、700元、1000元、1500元、2000元、2500元、3000元、3500元、4000元。
四、覆盖范围不同
1.新型农村合作医疗制度的覆盖范围只有农民。
2.城镇职工基本医疗保险的覆盖范围为城镇所有用人单位，包括企业(国有企业、集体企业、外商投资企业、私营企业等)、机关、事业单位、社会团体、民办非企业单位及其职工，都要参加基本医疗保险。
五、基本原则不同
新型农村合作医疗基本原则：
1、强调自愿参加，多方筹资。农民以家庭为单位自愿参加新型农村合作医疗，遵守有关规章制度，按时足额缴纳合作医疗经费；乡(镇)、村集体要给予资金扶持;中央和地方各级财政每年要安排一定专项资金予以支持。
2、强调以收定支，保障适度。新型农村合作医疗制度要坚持以收定支，收支平衡的原则，既保证这项制度持续有效运行，又使农民能够享有最基本的医疗服务。
3、强调先行试点，逐步推广。建立新型农村合作医疗制度必须从实际出发，通过试点总结经验，不断完善，稳步发展。要随着农村社会经济的发展和农民收入的增加，逐步提高新型农村合作医疗制度的社会化程度和抗风险能力。
城镇职工基本医疗保险基本原则：
基本医疗保险的水平要与社会主义初级阶段生产力发展水平相适应；城镇所有用人单位及其职工都要参加基本医疗保险，具有强制性；实行属地管理；基本医疗保险费由用人单位和职工双方共同负担；基本医疗保险基金实行社会统筹和个人账户相结合。
法律依据
《 中华人民共和国社会保险法》第二十五条：国家建立和完善城镇居民基本医疗保险制度。
城镇居民基本医疗保险实行个人缴费和政府补贴相结合。
享受最低生活保障的人、丧失劳动能力的残疾人、低收入家庭六十周岁以上的老年人和未成年人等所需个人缴费部分，由政府给予补贴。
