法律分析：农业农村部负责。其对申请人审查，是否符合条件，以及符合面积、高度等要求，自然资源部门负责审查建房是否符合国土空间规划，其中涉及农用地的，还需要办理农用地转用审批手续，在符合条件之后，核发乡村建设许可证，这里也就等于是多了一道程序，农业农村部是负责审查，自然资源部门负责核发建设许可证，这两者缺一不可。

法律依据：《中华人民共和国建筑法》 第七条 建筑工程开工前，建设单位应当按照国家有关规定向工程所在地县级以上人民政府建设行政主管部门申请领取施工许可证；但是，国务院建设行政主管部门确定的限额以下的小型工程除外。按照国务院规定的权限和程序批准开工报告的建筑工程，不再领取施工许可证。