犯罪嫌疑人被超期羁押的处理办法是：由国家对其进行赔偿，每日赔偿金按照国家上年度职工日平均工资计算。能够返还财产或恢复原状的，予以返还财产或者恢复原状。最高额为国家上年度职工年平均工资的五倍，造成部分或者全部丧失劳动能力的，应当支付生活费。

【本文关联的相关法律依据】

《刑事诉讼法》第六十六条

人民法院、人民检察院和公安机关根据案件情况，对犯罪嫌疑人、被告人可以拘传、取保候审或者监视居住。

第九十六条

人民法院、人民检察院和公安机关如果发现对犯罪嫌疑人、被告人采取强制措施不当的，应当及时撤销或者变更。公安机关释放被逮捕的人或者变更逮捕措施的，应当通知原批准的人民检察院。