社保中断三个月是不会清零的，但是社保连续缴纳的时间会清零，而累计缴纳的时间是不会清零的，并且中断之前缴纳的社保金额仍旧在缴纳社保的人的个人账户中，劳动者的社保中断的，虽然不会清零，但是劳动者的医保待遇、买房、买车、孩子上学读书等会受到影响。
医疗保险中断不补交的后果：
新参保职工(含中断缴费一年以上重新参保的)依法参加基本医疗保险并连续缴纳满一年(不含补缴年限)的，按规定享受基本医疗保险待遇；
满六个月不满一年的，按50%执行；
不满六个月的，不予支付。
如果没有间断缴费，或间断缴费没有超过一年，在住院当月缴费的情况下，不影响医疗保险报销。
社会保险中的养老保险是累积计算的，不会由于中间停止缴纳而清零。在中断之后有缴纳的，则以前参保的年限以及个人缴纳金额部分会累计的。而在一个医疗保险缴纳年度内，社保停止缴纳3个月，医疗保险的缴纳年限清零，将重新计算。个人账户余额在重新缴纳医保后，将会激活并可以继续使用，因此个人缴纳的医保金额不会清零。
法律依据：《劳动合同法》第四十九条规定，国家采取措施，建立健全劳动者社会保险关系跨地区转移接续制度。
在《劳动合同法》制定过程中，有些意见提出，实践中一些用人单位不替劳动者缴纳社会保险的统筹部分，其中原因有的是用人单位利用劳动者不了解国家法律法规的有关规定，逃避责任；有的是劳动者没有缴纳社会保险的积极性，主动要求用人单位将应缴的社会保险费直接发放。
