法律分析：
在公司犯罪中，如何判断员工的主观故意是一个关键问题。主观故意是指犯罪人明知自己的行为会造成违法后果，却故意进行该行为。判断员工的主观故意需要考虑其犯罪行为的性质、时间、地点以及行为方式等因素。同时也需要考虑员工的个人背景、教育程度以及工作经历等因素。
法律依据：
1.《刑法》第十五条规定，有下列情形之一的，应当认定为故意犯罪：（一）明知是违法行为而实施的；（二）对所实施的行为后果明显予以推测而实施的；（三）明知是不能实施的，而采取了欺骗、贿买、胁迫等手段实施的。
2.《刑法》第六十六条规定，犯罪分子将自己的行为结果预期为可能发生的，或者虽未预期但认识到可能发生而不顾，或者虽认识到但认为不会发生而不顾的，视为故意。
3.《刑法》第二十二条规定，单位犯罪是指国家机关、企业、事业单位、社会团体、民办非企业单位等组织，或者其他组织及其工作人员违反国家法律、行政法规，犯罪分子的行为系该组织工作人员的行为，该组织应当承担刑事责任。
4.《中华人民共和国刑事诉讼法》第六十八条规定，刑事案件的证据包括：证人证言、被告人供述、书证、物证、视听资料、鉴定结论、勘验笔录、检查笔录、现场图表等。
以上是关于公司犯罪中，如何判断员工的主观故意的法律分析和法律依据。在实际工作中，需要根据具体情况进行综合判断和评估。
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