办理停薪留职时，职工和单位签定有合同协议，也规定了期限，如果按合同规定的期限执行，停薪留职政策结束已经十来年了，停薪留职的期限一般是两年，最多三年，正常执行合同的人员早已经回归单位上班，不存在这个问题。目前没有回来的人员，是违反合同期限规定，没有按期回原单位上班的人员，按合同做辞退处理。机关事业单位“吃空饷”专项清理整顿，就是解决因病、因事、停薪留职等原因，长期不在岗，却依然保留着身份、甚至还领着工资的人员。

按照清理整顿规定，符合条件的人员可以回来上班，拒不返回的，或者不符合条件的，由组织人事部门做出辞退处理。

一、停薪留职社保怎么办

“停薪留职”人员在从事其他有收入的劳动时，原则上应按月向原单位缴纳劳动保险基金，其数额一般不低千本人原标准工资的百分之二十。

如果协议中约定了在停薪留职期间，保险由个人交纳，那这个协议的内容对双方有约束力，单位可以据此停交保险。如果没有约定，单位继续承担法律规定承担的部分。

二、社会保险转移流程

1、参保人员在新就业地按规定建立基本养老保险关系和缴费后，由用人单位或参保人员向新参保地社保经办机构提出基本养老保险关系转移接续的书面申请:

2、新参保地社保经办机构在15个工作日内，审核转移接续申请，对符合本办法规定条件的，向参保人员原基本养老保险关系所在地的社保经办机构发出同意接收函，并提供相关信息:

3、对不符合转移接续条件的。向申请单位或参保人员作出书面说明。

法律依据：《关于贯彻执行（中华人民共和国劳动法）若干问题的意见》 第九条 原固定工中经批准薪留职人员，愿意回原单位，继续工作的，原单位应与其签订劳动合同；不愿意回原单位继续工作的，原单位可以与其解除劳动关系。