1、科属不同：三文鱼为动物界、脊索动物门、脊椎动物亚门、辐鳍鱼纲、新鳍亚纲、鲑形目、鲑科、鲑属与鳟属溯河洄游性鱼类。大马哈鱼为动物界、脊索动物门、脊椎动物亚门、硬骨鱼纲、辐鳍亚纲、鲑形目、鲑科、太平洋鲑属（大马哈鱼属）冷水性溯河产卵洄游鱼类。

2、产地不同：三文鱼主要分布在太平洋北部及欧洲、亚洲、美洲的北部地区，主要种类有挪威三文鱼、芬兰三文鱼、美国三文鱼、大马哈鱼等。大马哈鱼分布于太平洋北部和北冰洋中，主要有大马哈鱼、驼背大马哈鱼、红大马哈鱼、大鳞大马哈鱼、孟苏大马哈鱼、银大马哈鱼等种类。

3、形态区别：三文鱼的体型侧扁，背部隆起，齿尖锐，鳞片细小，银灰色，产卵期有橙色条纹，肉质紧密鲜美，肉色为粉红色并具有弹性，鳞小刺少。大马哈鱼一般体长60厘米左右而侧扁，略似纺锤形，头后至背鳍基部前渐次隆起，背鳍起点是身体的最高点，从此向尾部渐低弯，头侧扁，吻端突出，微弯，口裂大，形似鸟喙，上下颌各有一列利齿。