他把教育分为隶属于政治”与超轶乎政治”两类。隶属于政治的有军国民教育、实利主义教育和道德教育三者；超轶乎政治的则是世界观教育和美育。他认为，两类五种教育均不可偏废。为了强兵富国，需要军国民教育和实利主义教育，但必以道德为根本”。公民道德即自由、平等、亲爱”，亦即儒家的义、恕、仁”。他把欧洲资产阶级道德观念同中国儒家的传统道德观念揉合在一起，主张培养现实社会的完全的人格。

但教育的终极目的还在于追求超现实的实体世界，使人达到最高精神境界，因此还必须有世界观教育，即引导受教育者超脱现世，领悟最高精神境界的教育。他认为，这种世界观教育是知、情、意、德、智、体诸者的统一体。从现象世界进入实体世界，不能依靠经验或理论，只能依靠浑然直觉的美感，美感是两个世界的桥梁。他主张以美育代宗教”，各级学校、各种社会活动都要进行美育。蔡元培提出的教育思想体系，是以军国民教育、实利主义教育为急务，以道德教育为中心，以世界观教育为终极目的，以美育为桥梁。