1.重点区别在于“能否抵扣增值税销项税”方面：企业采购货货物收到供应方的“增值税普通发票”，其支付款中所含的“进项税”记入货物成本，不能抵扣企业因销售等业务活动产生的增值税销项税，实现不了增值税的流转；企业采购货货物收到供应方的“增值税专用发票”其进项税，可以在规定范围内抵扣企业销售等业务活动产生的销项税，从而实现增值税的流转。
2．发票使用的主体不同：增值税专用发票一般只能由增值税一般纳税人领购使用，小规模纳税人需要使用的，只能经税务机关批准后由当地的税务机关代开；普通发票则可以由从事经营活动并办理了税务登记的各种纳税人领购使用，未办理税务登记的纳税人也可以向税务机关申请领购使用普通发票。
3．发票的内容不同：增值税专用发票除了具备购买单位、销售单位、商品或者服务的名称、商品或者劳务的数量和计量单位、单价和价款、开票单位、收款人、开票日期等普通发票所具备的内容外，还包括纳税人税务登记号、不含增值税金额、适用税率、应纳增值税额等内容。
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