对于合伙企业取得的生产经营所得，财税[2000]91号文规定，按照每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得，适用5％—35％的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。
对于合伙企业对外投资取得的股息红利所得，不并入企业的收入，应作为合伙人取得的股息红利，单独纳税。合伙人为自然人，“按‘利息、股息、红利所得’应税项目计算缴纳个人所得税”（国税函[2001]84号）；合伙人为法人，取得的股息红利由于不属于“居民企业直接投资于其他居民企业取得的投资收益”，因此不能享受居民企业之间的股息红利免征企业所得税政策，应并入法人合伙人当期应纳税所得额，缴纳企业所得税。
合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。但对合伙企业而言，被穿透的只是所得税。对于流转税而言，合伙企业仍然是纳税主体。财税[2016]36号文第一条规定，“在中华人民共和国境内销售服务、无形资产或者不动产(以下称应税行为)的单位和个人，应当按照本办法缴纳增值税。”因此合伙企业属于增值税的纳税主体，其生产经营所得应对照适用税率缴纳增值税。
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