1、牡丹和芍药的第一个区别是花朵的外形。牡丹花大，花瓣外放，芍药花朵相对较小。除了大小之外，牡丹的花端庄高贵，芍药的花清新婉约。
2、牡丹和芍药的第二个区别是茎的不同。茎的不同是牡丹和芍药最重要的区别，牡丹是多年生木本植物，地上枝条冬天不会枯萎，因此经过几年的生长，地上的枝条会显示出木质的特点，而且年份越大的牡丹越是明显，芍药是多年生的草本植物，每年冬天地上部分都会枯萎，第二年春天会从地下根块上重新冒芽，因此不管是种了多少年的芍药，花茎都是当年生长的，表现出青绿色的草本植物特点。
3、牡丹和芍药的第三个区别是花期不同。同一个地区的芍药和牡丹的花期不同，牡丹花期早而芍药花期晚，一般牡丹完全凋谢后芍药才会绽放。因此很难看到牡丹芍药同时开放的场景。这也是由于牡丹是在前一年的老枝条上形成花苞，而芍药在当年的枝条上形成花苞的特点所决定的。
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