工程合同纠纷的诉讼时效是三年。诉讼时效的起算点根据纠纷的不同而有所不同;比如施工过程中出现的地基基础、主体结构以及竣工验收各阶段的施工质量缺陷争议的，诉讼时效自质星验收发现缺陷或阶段质量验收未通过时起算。

一、工程质保期与缺陷责任期

修期与缺陷责任期的主要区别如下：一、计算日期起始时间不同。1、保修期的起算日期从业主工程师发给工程竣工证书之日算起；2、缺陷责任期从工程通过竣（交）工验收之日起计算；由于发包人原因导致工程无法按规定期限进行竣（交）工验收的，在承包人提交竣（交）工验收报告90天后，工程自动进入缺陷责任期。二、保修期限不同。1、《建筑工程质量管理条例》第四十条规定：“在正常使用条件下，建设工程的最低保修期限为：（1）基础设施工程、房屋建筑的地基基础工程和主体结构工程，为设计文件规定的该工程的合理使用年限;（2）屋面防水工程、有防水要求的卫生间、房间和外墙面的防渗漏，为5年;（3）供热与供冷系统，为2个采暖期、供冷期;（4）电气管线、给排水管道、设备安装和装修工程，为2年。2、缺陷责任期一般有6个月，12个月或者24个月，具体由发承包双方在合同管理中约定。三、两者遵循的法律依据不同。1、保修期遵循的是《建筑工程质量管理条例》；2、缺陷责任期遵循的是《建筑工程施工合同示范文本》。

二、工程资料的检查与复核重点

应根据不同施工阶段，按照时效性、符合性、完整性、对应性、关联性、真实性和合法性几个方面进行检查与复核。

（一）施工准备阶段重点检查：

重点是检查法定程序和施工准备工作，如施工合同、施工许可证、施工营业执照、承建资格证书、开工报告、项目经理任命通知书、项目经理部人员设置通知书、施工现场质量管理检查记录(现场质量管理制度、质量责任制、主要专业工种操作上岗证书，施工技术标准等)、图纸会审记录、地质勘查资料、施工组织设计、专项施工方案及专家论证意见、施工技术交底、建筑物定位测量放线记录、桩基检验报告、验收证明、地基验槽记录，混凝土、砂浆的配合比试验报告，部分原材料的产品合格证和进场检验报告等。

（二）基础和主体结构施工阶段：

主要检查有关技术质量保证资料，如钢材产品合格证和进场力学性能、工艺性能检验报告、钢材质量检查记录、钢筋接头焊接工艺性能检验报告、抽检报告、钢筋机械接头、合格证、型式检验报告、工艺性能报告、抽检报告和外观检查记录；商品混凝土资料、混凝土施工记录、混凝土抗压、抗渗试块检验报告及统计评定；砌块合格证及检验报告、砌体砂浆强度检验报告；防水材料合格证和检验报告、隐蔽验收记录、检验批验收记录、分部、子分部分项工程质量验收记录；混凝土结构实体检验记录、沉降观测记录；新材料、新工艺施工记录等。

（三）装饰、装修施工阶段：

主要检查装饰材料的合格证、进场检验报告、非金属材料放射性检验报告、建筑节能材料导热系统检验报告、隐蔽验收记录(地面工程、抹灰工程、吊顶、轻质隔墙、涂饰、饰面板(砖)、门窗、细部工程、屋面工程等)、检验批验收记录、分部、子分部分项工程质量验收记录等。

（四）竣工验收扫尾阶段：

主要检查、落实分包合同、配合协议、收集分包单位的技术资料；检查、复核单位工程安全和功能检验资料：如地下室防水效果检查记录、外墙、屋面淋水试验记录、有防水要求的地面蓄水试验、幕墙外窗的气密性、水密性、耐风压检验报告、建筑物垂直度、标高、全高测量记录、沉降观测成果整理记录、室内环境污染检测报告、节能、保温测试记录、和抽气(风)道检查记录；逐套检查验收记录、落实各专项验收，如防水、节能、环保、消防、燃气、规划和档案等专项验收报告。

三、工程有哪些质量要求？

工程的质量要求有：

1、施工单位应向建设单位提交工程质量验收报告；

2、若在自检的过程中发现存在质量问题，施工单位应立即整改，且在整改完成后提交竣工报告；

3、施工单位需自行组织相关人员进行自检；

4、主体结构以及建筑节能分部工程的验收工作应由设计单位的项目负责人、施工单位的技术、质量负责人负责。

【本文关联的相关法律依据】

《民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为3年。法律另有规定的，依照其规定。

诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的,依照其规定。

但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。