发票作废退税流程：
1、填写退税申请表，附上税票、原发票、红字发票、重开发票的复印件，交办税服务厅办税窗口。审批、退库的事是税务人员干的程序；
2、出口企业和其他单位丢失增值税专用发票的发票联和抵扣联的，经认证相符后，可凭增值税专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的丢失增值税专用发票已报税证明单，向主管税务机关申报退免。
增值税专用发票和普通发票的区别：
1、联次不同，增值税专用发票有3联，增值税普通发票则分，1联、2联、5联等等；
2、发票使用人不同，增值税专用发票一般只能由增值税一般纳税人领购使用，普通发票由从事经营活动并办理了税务登记的各种纳税人使用；
3、作用不同，增值税专用发票可以抵扣进项税，增值税普通发票除特殊情况外，不能抵扣进项税额税。
法律依据：《增值税专用发票使用规定》 第二十条
同时具有下列情形的，为本规定所称作废条件：
（一）收到退回的发票联、抵扣联时间未超过销售方开票当月；
（二）销售方未抄税并且未记账；
（三）购买方未认证或者认证结果为“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”。本规定所称抄税，是报税前用卡或者卡和软盘抄取开票数据电文。