部门规章与地方性法规发生冲突时，由国务院提出意见，国务院认为应当适用地方性法规的，应当决定在该地方适用地方性法规的规定；认为应当适用部门规章的，应当提请全国人民代表大会常务委员会裁决。

行政法规与行政规章的区别：

行政规章与行政法规同属于行政机关制定的规范性文件。但是：

①行政法规调整的对象一般是行政管理领域带有普遍性、全局性、原则性以及意义重大的问题。行政规章的调整对象则限定在行政管理领域中某些特殊的、局部的、具体的问题。

②行政法规的制定主体是中国的中央政府，而行政规章的制定主体或是中央政府的组成部分，或是地方政府。因而，行政法规的效力高于行政规章。

③行政法规可以直接依据宪法、全国人大及其常委会制定的法律(尤其是其中的行政法律)，对一般公民法人或其他组织在行政管理领域的权利义务作出具体规定;对于各种行政违法行为的处罚，可以在符合宪法、法律的前提下，作出带有创制性的规定;并且可以在不违背宪法、法律的情况下，对某些尚未受到法律调整的社会生活作出行政法调整。行政规章中，对一般公民法人或其他组织在行政管理领域的权利义务所作的规定，则不仅要符合宪法法律的精神原则，同时，还必须以某个具体的行政法规、地方性法规为直接依据，或者有其通过条文内容的明确授权。而对于有关罚则条款的规定，则只能严格囿于行政法规、地方性法规所规定的种类、方式、幅度。不可以作出创设性规定。

④依照全国六届人大三次会议所作出的，有关授权国务院的《决定》等，行政法规在关于经济体制改革和对外开放等问题上，可以体现某些立法上的“超前性”“实验性”，行政规章则不可以具有 “超前性”“实验性”。

⑤依行政诉讼法规定，行政法规是人民法院进行行政审判的重要依据，这肯定了行政法规对于行政审判活动的绝对约束力。行政规章对于行政审判活动则不具有绝对的约束力，只是人民法院在行政审判活动中的一种参照。

法律依据：《中华人民共和国立法法》 第八十六条 地方性法规、规章之间不一致时，由有关机关依照下列规定的权限作出裁决：

（一）同一机关制定的新的一般规定与旧的特别规定不一致时，由制定机关裁决；

（二）地方性法规与部门规章之间对同一事项的规定不一致，不能确定如何适用时，由国务院提出意见，国务院认为应当适用地方性法规的，应当决定在该地方适用地方性法规的规定；认为应当适用部门规章的，应当提请全国人民代表大会常务委员会裁决；

（三）部门规章之间、部门规章与地方政府规章之间对同一事项的规定不一致时，由国务院裁决。

根据授权制定的法规与法律规定不一致，不能确定如何适用时，由全国人民代表大会常务委员会裁决。