农村合作医疗缴费，一般是到当地的村集体、社区、银行和新农合办公室等地，需缴费人带着保费去现场去缴纳。这种缴费方式相对集中，每年缴费时人比较多，需要参保人早早去排队办理。所以为了避免缴费人由于工作不便请假、排队耗时地进行集中缴费。缴费方式新增加了网上缴费。今年新农合实行网上与线下相结合的方式来进行缴费。
农村合作医疗线下的交费方法：
1、参保人员持《新型农村合作医疗证》、《户口薄》到指定的地点办理参合登记；
2、参保人员前往乡镇新农合经办机构缴纳费用。
农村合作医疗保险可以通过登录相关软件平台缴纳。农村合作医疗保险在手机上缴纳的流程：
1、手机安装打开交医保的相关软件，在主页注册账号登录以后选择参保缴费这个选项点击进入；
2、会跳转到一个新的界面，选择第一个选项居民医保缴费点击进入就可以；
3、可以选择为其他人缴费，只要切换家庭成员即可，不过低保户、学生则需要去社区缴费，没问题的话点击去缴费；
4、在居民医保缴费下面，会有需要交医保的相关选项，根据自己的选择来点下一步就可以。提示应缴金额，在勾选本人已同意＜缴费须知＞以后选择点缴费即可。
合作医疗的查询方法：
1、携带身份证到当地乡镇卫生院的合管办或者到县合管办进行查询；
2、携带本人合作医疗证和身份证到当地新农合合作医疗机构查询；
3、可直接拨打社保电话12333进行查询。
法律依据
《中华人民共和国社会保险法》
第二十四条 国家建立和完善新型农村合作医疗制度。新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。
第二十五条 国家建立和完善城镇居民基本医疗保险制度。城镇居民基本医疗保险实行个人缴费和政府补贴相结合。享受最低生活保障的人、丧失劳动能力的残疾人、低收入家庭六十周岁以上的老年人和未成年人等所需个人缴费部分，由政府给予补贴。
第二十六条　职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。