哑舍老板最后和医生在一起了。

哑舍老板实际上是历史人物嬴政的儿子扶苏的伴读甘罗，而医生则是扶苏的转世。哑舍老板之所以一直在2000年的时间里不断寻找扶苏的转世，是因为他和扶苏之间深厚的友谊。最终，哑舍老板和医生一同从秦皇陵走出，回到了他们原本的生活地点，或许仍然过着相似的日子。

另一方面，也有说法指出哑舍老板并没有和扶苏在一起，而是和医生共同生活在现代，尽管扶苏的灵魂回归并试图让医生和自己一起存活，但这种关系更多是基于两人之间的情感而非医生的特殊身份。哑舍老板在医生去世后可能会去寻找扶苏，但这并不影响他与医生共度余生的现实。