1、工厂搬迁可以与员工协议变更劳动合同。

劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行，经用人单位与劳动者协商，未能就变更劳动合同内容达成协议的，可以解除劳动合同。用人单位应当向劳动者支付经济补偿。

2、公司搬迁的原因

企业用工实践中，公司搬迁的原因多种多样，有些是为了配合政府的污染治理“被动搬迁”，有些则是公司出于经营成本、经营战略的考量“主动搬迁”，但无论是“主动搬迁”还是“被动搬迁”均属于企业的自主权，无须征得员工同意。虽然员工无法干预搬迁决定本身，但是决定一旦形成将会对所有员工的劳动关系产生重要的影响。考虑到工作地点属于劳动合同的必备条款，也是劳动合同履行的必要条件之一，用人单位搬迁后要求员工随迁则涉及劳动者是否应当同意这一核心问题。由于搬迁所涉及的劳动者人数众多，如果大批劳动者不想随迁，而企业又不愿意支付经济补偿金，则由此产生群体性劳动关系的矛盾极为突出，通常企业在制定搬迁方案前应履行诚信沟通义务，妥善处理给员工造成的不便以最大限度预防群体性纠纷。