农民工签劳务协议不合法。
公司只签劳务协议是违法的。用人单位与劳动者建立劳动关系应当签订劳动合同。签订劳务合同只有在满足个别条件下才能进行，并非所有的情况下都可以签订劳务合同。
公司对于以下人员应当签订劳务合同：
1、已领取养老金的退休人员；
2、退休返聘人员；
3、已与其他单位建立劳动合同关系的兼职人员；
4、企业内退人员等。劳务合同中的劳务者所享受到的各种福利待遇，相比于劳动合同中的劳动者而言要低很多。如果用人单位为了承担较少的责任、减少企业开支而在符合签订劳动合同的情形下，与劳动者签订劳务合同，是违法的。
法律依据：《关于确立劳动关系有关事项的通知》第一条
用人单位招用劳动者未订立书面劳动合同，但同时具备下列情形的，劳动关系成立：
（一）用人单位和劳动者符合法律、法规规定的主体资格；
（二）用人单位依法制定的各项劳动规章制度适用于劳动者，劳动者受用人单位的劳动管理，从事用人单位安排的有报酬的劳动；
（三）劳动者提供的劳动是用人单位业务的组成部分。
