法律分析：1.先告知企业的员工，下载个税APP，注册并进行认证，同时填写六项扣除费用，这六项费用，可以直接抵减员工的个税。
2.员工在个税APP端填写好扣除费用之后，财务人员登录自然人税收管理系统。
3.进入系统之后，点击扣除信息采集，把员工在个税APP端上传的个税扣除信息，下载到申报系统。
4.下载好员工的扣除信息之后，返回主界面，点击综合所得申报，页面跳转，点击正常工资薪金所得。
5.点击正常工资薪金所得之后，页面会弹出个税申报明细表，在本期收入处，填写发放给员工的工资。
6.填写好个税申报明细表之后，点击税款计算，同时填写申报密码，点击确认。
7.点击确认之后，点击申报表报送，页面会弹出企业代扣代缴的个税，如果员工未达到起征点，应补退税处会显示为零，点击发送报表即可。
法律依据：《中华人民共和国税收征收管理法》
第一条 为了加强税收征收管理，规范税收征收和缴纳行为，保障国家税收收入，保护纳税人的合法权益，促进经济和社会发展，制定本法。
第二条 凡依法由税务机关征收的各种税收的征收管理，均适用本法。
第三条 税收的开征、停征以及减税、免税、退税、补税，依照法律的规定执行;法律授权国务院规定的，依照国务院制定的行政法规的规定执行。
任何机关、单位和个人不得违反法律、行政法规的规定，擅自作出税收开征、停征以及减税、免税、退税、补税和其他同税收法律、行政法规相抵触的决定。
第四条 法律、行政法规规定负有纳税义务的单位和个人为纳税人。
法律、行政法规规定负有代扣代缴、代收代缴税款义务的单位和个人为扣缴义务人。纳税人、扣缴义务人必须依照法律、行政法规的规定缴纳税款、代扣代缴、代收代缴税款。
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