阴阳合同处理方法有：
1、根据规定，合同需要备案的，以备案合同为准，这是一般原则；但备案合同未实际履行，实际履行合同有违法利益的，价格以实际履行合同为准，其余按备案合同约定，备案合同未约定，阴合同有关内容按阴合同约定执行；
2、如果签订的两份合同不需要按照规定批准或者备案，则以实际履行的合同为准。一些法院案件以后期的合同价格为准。除非有证据证明前一份合同价格是为了避免纳税和骗取贷款而签订的虚假价格。但需要特别注意的是，举证责任由异议方承担，即谁认为前一份合同是虚假的，谁就应该承担举证责任。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国民法典》
第五百四十三条 当事人协商一致，可以变更合同。
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