公司个税申报流程如下：
1、通过“自然人电子税务局”下载并安装“自然人电子税务局（扣缴端）”软件，然后按照指引录入单位信息、设置登录密码；
2、登录进入“自然人电子税务局（扣缴端）”；
3、点击左侧“人员信息采集”和“专项附加扣除信息采集”的选项并按照指引采集和填写申报人员的基本信息以及配偶信息、子女教育、继续教育等项目的相关资料；
4、点击左侧“综合所得申报”的选项，然后在“正常工资薪金所得”界面中填写申报人员的工资薪金数据和专项扣除、专项附加扣除等数据，最后确认申报项目的数据是否有误；
5、按照指引确认系统自动生成的数据，点击“发送申报”并向系统后台提交个人所得税的申报表；
6、提交申报后点击左侧“税款缴纳”的菜单并选择“三方协议缴款”的选项，在确认税款金额无误后点击“立即缴款”选项并完成税费的缴纳。
个人所得税缴税比例：
1、综合所得全年应纳税所得额不超过36000元的，税率为3%；
2、综合所得全年应纳税所得额超过36000元至144000元的部分，税率为10%；
3、综合所得全年应纳税所得额超过144000元至300000元的部分，税率为20%；
4、综合所得全年应纳税所得额超过300000元至420000元的部分，税率为25%；
5、综合所得全年应纳税所得额超过420000元至660000元的部分，税率为30%；
6、综合所得全年应纳税所得额超过660000元至960000元的部分，税率为35%；
7、综合所得全年应纳税所得额超过960000元的部分，税率为45%。
综上所述，完成缴款后，公司可以点击左侧的“税款缴纳”菜单并点击“历史查询”选项，然后通过该功能查询已经缴纳的税款记录。
【法律依据】：
《个人所得税法》第十一条
居民个人取得综合所得，按年计算个人所得税；有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次预扣预缴税款；需要办理汇算清缴的，应当在取得所得的次年三月一日至六月三十日内办理汇算清缴。预扣预缴办法由国务院税务主管部门制定。居民个人向扣缴义务人提供专项附加扣除信息的，扣缴义务人按月预扣预缴税款时应当按照规定予以扣除，不得拒绝。非居民个人取得工资、薪金所得，劳务报酬所得，稿酬所得和特许权使用费所得，有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次代扣代缴税款，不办理汇算清缴。
