法律分析：质量保证金的扣留手续，主要有两种：

1、逐次扣留，即发包人在支付工程进度款时按比例逐次扣留;

2、一次性扣留，即发包人在工程竣工结算时一次性扣留质量保证金。

在合同双方未有另行约定的情况下，原则上则适用第一种方式，即在支付工程进度款时逐次扣留。这也是实践中发包人最经常采用的质保金扣留方式。但是，如果实践中承包人已按合同约定提交履约保证金，这一常规性的质保金扣留方式，将与关于竣工前已缴纳履约保证金，不得同时预留工程质保金的规定发生冲突。从合法性考虑，今后发包人应尽量采用在工程竣工结算时一次性扣留质保金的方式，或采用在工程竣工验收合格后，要求承包人提交质量保函的方式。

法律依据：《建设工程质量保证金管理暂行办法》

第二条　本办法所称建设工程质量保证金(保修金)(以下简称保证金)是指发包人与承包人在建设工程承包合同中约定，从应付的工程款中预留，用以保证承包人在缺陷责任期内对建设工程出现的缺陷进行维修的资金。缺陷是指建设工程质量不符合工程建设强制性标准、设计文件，以及承包合同的约定。缺陷责任期一般为六个月、十二个月或二十四个月，具体可由发、承包双方在合同中约定。

第十条　发包人在接到承包人返还保证金申请后，应于14日内会同承包人按照合同约定的内容进行核实。如无异议，发包人应当在核实后14日内将保证金返还给承包人，逾期支付的，从逾期之日起，按照同期银行贷款利率计付利息，并承担违约责任。发包人在接到承包人返还保证金申请后14日内不予答复，经催告后14日内仍不予答复，视同认可承包人的返还保证金申请。不支付全额，而按照规定，扣留一定比例的质保金。我国民事法律规范规定，扣留的比例可以自由协商确定，但是不得超过规定工程总价款的3%，否则扣留比例过程多，需要支付利息。