一般纳税人开的专用发票的税率是3%，是因为该一般纳税人按照相关规定部分项目可选择简易计税办法，依照3%的征收率计算交纳增值税，不得抵扣进项税额，但可自行开具增值税专用发票。
一、财政部、国家税务总局关于部分货物适用增值税低税率和简易办法征收增值税政策的通知（财税[2009]9号）：第三条一般纳税人销售自产的下列货物，可选择按照简易办法依照6%征收率计算缴纳增值税：
1.县级及县级以下小型水力发电单位生产的电力。小型水力发电单位，是指各类投资主体建设的装机容量为5万千瓦以下（含5万千瓦）的小型水力发电单位。
2.建筑用和生产建筑材料所用的砂、土、石料。
3.以自己采掘的砂、土、石料或其他矿物连续生产的砖、瓦、石灰（不含粘土实心砖、瓦）。
4.用微生物、微生物代谢产物、动物毒素、人或动物的血液或组织制成的生物制品。
5.自来水。
6.商品混凝土（仅限于以水泥为原料生产的水泥混凝土）。一般纳税人选择简易办法计算缴纳增值税后，36个月内不得变更。
二、财政部 国家税务总局关于简并增值税征收率政策的通知（财税[2014]57号）：第二条、财税〔2009〕9号文件第二条第（三）项和第三条“依照6%征收率”调整为“依照3%征收率”。
除以下情形之外，按简易办法征税的都可以开具专票：
（1）属于增值税一般纳税人的单采血浆站销售非临床用人体血液，可以按照简易办法依照3%征收率计算应纳税额，但不得对外开具增值税专用发票；
（2）纳税人销售旧货，应开具普通发票，不得自行开具或者由税务机关代开增值税专用发票。
（3）销售自己使用过的固定资产，减按2%征税的。
法律依据
《中华人民共和国增值税暂行条例》
第三条纳税人兼营不同税率的项目，应当分别核算不同税率项目的销售额；未分别核算销售额的，从高适用税率。
