具体如何做物种所有基因的背景注释，请参考前述推文《零基础快速完成基因功能注释/GO/KEGG/PFAM...》。首先，打开TBtoolsGO富集分析界面整体如上，一共三个文件：具体示例如下点击Start，随后等待即可。完成...

   做富集分析，对于输出结果，不能只看前多少个有显著富集的term，应该要看符合自己设的padjust阈值的所有term，看完再挑选自己想要展示的term成图。这样做能避免得出的结论不全面，对于事先没有预想的...

step1:计算富集得分（EnrichmentScore）。按顺序从头到尾逐个比较L中的基因与S中的基因，加和统计量，如果两者相同就增加KS统计量，反之就减少KS统计量。增加的多少与这个基因和表型的相关性有关。最后ES就是KS的最大方差...

在是否需要构建的问题上，我看到徐洲更在功能注释后如何做富集分析中提到“你不需要构建Orgdb，因为Orgdb的用途是进行基因编号和GO/KEGG的转换。你可以直接导入基因号和GO/KEGG编号的对应关系到R里面，然后用clusterProfile...

1.输入数据---富集分析结果：一共四列，第一列为富集分析term名称，第一列为这个term包含的基因个数，第三列为P值或FDR，第四列为term中包含的基因列表，基因与基因之间一“/”隔开，如下图所示。点击添加图片描述...

不好意思，才看到，我的工作时完成了，但是，富集分析的工作最终是委托公司完成的，就是帮我们测序的公司，我提供了KO号，他们免费帮着做的

考虑到这些缺点，2005年提出了基于基因集定义的基因富集分析方法，很多人管单基因分析叫bottom-up，富集分析叫top-down。首先要定义基因集(geneset)，也就是基于我们的先验知识（基因组注释信息），将基因富集，可以想象成，...

当富集分析完成，拿到如下的分析结果后，就可以进行作图了。富集分析结果的可视化无非就是柱状图和气泡图，但是公司默认出图实在是太丑，所以还是自己动手修改修改。一、常规柱状图（ggplot2）横轴为genecounts，或者用-logP也行...

再做GSEA富集分析，在此之前需要对输入genelist做一下处理，包括三步：输入文件准备好了尽可以进行GSEA富集分析了：不要问我为什么要pvalueCutoff设置0.8，因为一直调大到0.8才富集到结果。。。可见数据应该是有问题的，...

二项式分布，是有放回的抽样，你可以多次抽到同一基因，这是不符合的。所以这个计算只能说是做为近似的估计值，无放回的抽样，符合超几何分布，通过超几何分布的计算，p值为：用2x2表做性分析对于2x2表来说，卡方...